乐玩体育平台-(中国)科技公司,

您当前所在位置: 乐玩体育平台-(中国)科技公司, > 学术动态 > 正文

林木遗传育种国家重点实验室第九期龙江林学论坛

日期:2019-07-10 点击数:

报告题目:DeepHiC: Greatly Enhancing Chromatin Interaction Information Using Deep Learning

报 告 人:李春

主办单位:林木遗传育种国家重点实验室

时    间:2019年07月12日(星期五)  9:00

地    点:科技楼主310

报告人简介:李春,美国凯斯西储大学教授。具有近20年的科研和合作经验。主要研究领域是统计遗传学和生物统计,合作领域涉及二类糖尿病,乳腺癌,眼科疾病,遗传药理学,等等。他在统计方法方面的工作主要在有序数据方法和稳健统计方法,工作发于顶级期刊如JASA, Biometrika和Biometrics。他2016年的一篇文章赢得了加拿大统计学会年度论文奖。他在统计遗传方面的工作跨越广泛,从联动分析到全基因组关联分析到高通量测序实验设计和分析,工作发于顶级期刊如American Journal of Human Genetics,Genetic Epidemiology和Bioinformatics。他的合作文章曾发于顶级期刊如Nature Genetics,AJHG和Nature Communications,第一作者文章发于Blood和PLoS Genetics。

他现在的工作包括把机器学习用于研究Alzheimer’s disease,电子医学病历(EHRs)和高通量测序染色体构象捕获(Hi-C)。他现在每年教授研究生课程“机器学习和数据挖掘”。

报告内容简介:Hi-C是近年来常用的高通量测序技术用于研究染色体构像捕获(chromatin conformation capture)。由于其成本较高,通常对人组织生成的Hi-C数据只能在40kb解析度上进行染色体构像分析,如果想近一步比如10kb解析度就需要投入16倍的测序成本。为了提升数据质量,我们利用深度学习方法开发一个新算法,DeepHiC,可以利用已有的数据在10kb解析度上进行染色体构像分析。我们从几个角度来评估我们的算法。从有效测序深度的角度,用DeepHiC提升后的数据的有效测序深度相当于原始测序深度的4倍。从最终染色体构像回路的角度,用DeepHiC提升后的数据探测到的染色体构像回路相当于1.5倍的原始测序深度能够探测到的染色体构像回路。我们的预测模型还可以对不同组织的Hi-C数据有一定的提升。

欢迎各位老师、同学参与交流!

                                                            林木遗传育种国家重点实验室

                                                               2019年7月2日